תקציר הסרט "הרוח במעטפת (תלת מימד)"מותחן משטרתי עתידני העוקב אחר עלילותיה של מוטוקו קוסאנאגי, חברת השירות החשאי "מדור 9" ביפן, שמתמחה בלחימה בפשעי טכנולוגיה, טרור ולוחמה קיברנטית. למרות שהיא שוות ערך לשאר חברי הקבוצה, קוסאנאגי מתפקדת כראש הצוות. היא מסוגלת לביצועים על-אנושיים כיון שרק מוחה וחלקים מעמוד השדרה שלה הם אורגניים ושאר גופה מכני