הסרט השלישי בעלילותיהם של המוטאנטים (הטובים והרעים) מפגיש שוב את פרופסור אקסאווייר (פטריק סטיוארט) וולברין (יו ג'קמן), סופה (האלי בארי שהפעם גם תרחף באוויר ולא רק במטוסים), ג'ין גריי (פמקה ג'נסן) סייקלופ (ג'יימס מרסדן), רוג (אן פאקווין) ואייסמן (ג'ון אשמור) שיעמדו אל מול אויביהם, "אחוות המוטאנטים" המאמינה בהכחדת האנושות ובהחלפתה בשלב הבא של האבולוציה, המוטאנטים. בראש "אחוות המוטאנטים" עומד מגנטו (איאן מקלן) וסביבו פיירו (אהרון סטנפורד), מיסטיק (רבקה רומיין) וג'אגרנאוט (ויני ג'ונס) אחיו החורג של פרופסור אקסאוויר. לחבורת האקס-מן יצטרפו כמה מוטאנטים חדשים, האנק מקוי המכונה ביסט (קלסי גריימר) בעיקר בגלל פרוותו הכחולה ושיניו החדות, וורן וורטינגטון (בן פוסטר) שבגלל זוג הכנפיים הלבנות הגדולות שעל גבו זכה לכינוי אנג'ל.