תקציר הסרט "מפריח היונים"מבוסס על הרומן רב המכר של אלי עמיר. הסרט מספר את סיפורו של כאבי, בן ה- 16, בן למשפחה ציונית המתגוררת בבגדאד. חזקאל, דודו של כאבי, המשמש כמנהיג במחתרת, נעצר ונעלם לאחר שכתב בעיתונו מאמר נגד הממשלה בעקבות תלייתו של סוחר יהודי חשוב בעיר בסרה. כאבי, שלוקח על עצמו את המשימה לגלות היכן הוא נמצא, מתגייס למחתרת הציונית. אשתו של חזקאל, ראשל בת ה- 20, משתתפת עם כאבי בחיפושים. לצידו של כאבי במחתרת פעילה גם אמירה בת ה- 15, תלמידה מחוננת ואהבתו הראשונה של כאבי המסתירה מאביה, אחד מנכבדי הקהילה, את פעילותה הציונית, עד לבריחתה הפתאומית לישראל. כאבי מגלה בסופו של דבר את מקום הימצאו של חזקאל בעזרתו של כרים), עורך דין מוסלמי וידיד המשפחה. בזמן שחזקאל נמק בכלא והתקווה לשחרורו הולכת ומתרחקת, ראשל מוצאת אהבה חדשה, עובדה שמתסכלת את כאבי, מכיוון שהוא חושק בה בסתר. בעקבות שליח מיוחד מישראל והסכמתה של ממשלת עיראק לאפשר ליהודים לצאת, נענים רבים מיהודי עיראק לעזוב. לאחר אירוע קשה שמטלטל את הקהילה, לא נותר כבר יהודי אחד ברחבי עיראק שלא מסכים לעזוב. כאבי עוזב עם אביו סלמן, אמו ואחיו הקטן. מאחור נותרת לבדה ראשל.
