כשג'ון היה עדיין צעיר עברו הוריו לעיירה בשם בנטון, שם ייסדה אמו עיתון מצליח.
יש לו אח אחד ושלוש אחיות. האח, דני ומליסה, אחת האחיות, עוסקים בעיתונות.
מלקוביץ' היה ילד שנתון למצבי רוח קיצוניים. בבית הספר נהג לריב עם כולם וכינה את המורים שלו, בפניהם, בקללות נמרצות.
פרטים נוספים על ג'ון מלקוביץ' - John Gavin Malkovich